Unix 기반의 웹 서비스 배포시 발생하는 문제

Question

현재 Unix에 기존 어플리케이션들을 설치하고, java와 bpel을 이용하여
통합/웹 서비스화 하는 방법을 연구하고 있는 학생입니다.
Unix에 "blast"라는 생물학에서 사용하는 툴을 설치하고 Unix 상에서 java로
blast를 실행하고 결과값을 xml 등의 파일로 생성하는데 까지는 성공했습니다.
그래서 이 java 프로그램을 웹 서비스로 deploy하여 blast를 실행해 보려고
하는데, blast의 실행 결과를 버퍼에 써서 출력하는 부분이 실행되지 않습니다.
결과 파일(xxx.xml)도 생성이 되질 않구요...
소스 프로그램은 다음과 같습니다. (ExecBlast.java)
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import java.io.*;
public class ExecBlast {
public ExecBlast() {}
public String doBlast(String program, String database, String sequence, String output) {
try {
String command = "/export/home/bpel/tools/blast-2.2.15/bin/blastall -p ";
command = command + program + " -d ";
command = command + database + " -i ";
command = command + sequence + " -o ";
command = command + output ";
Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
Process process = runtime.exec(command);
BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(process.getInputStream()));
while((inLine = br.readLine()) != null)
System.out.println(inLine);
catch(Exception e)
System.out.println(e);
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System.out.println 으로 여기저기 다 찍어봤는데 while문이 돌아가질 않습니다.
br이 null로 나오는거 같습니다.
Unix 상에서 이 프로그램을 그냥 javac로 컴파일 해서 실행하면 잘~~돌아가는데..
jdeveloper를 이용해서 웹 서비스로 배포하면 문제가 발생합니다.
Unix에서 디렉토리 권한 문제인가 싶어서 권한도 다 줬는데 고쳐지질 않네요..
왜 그런건가요?? 도와주세요..ㅠ

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